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 EXTRAction AutomAtisée et Améliorée de biomArqueurs moléculAires

 EXTRAAAAAA

Porteur : Jérémy Jacob (j eremy.jacob@lsce.ipsl.fr)

Partenariat actuel : IDF DIM-PAMIR : Laboratoire des Sciences du Climat et de l’Environnement (LSCE, UMR 8212 CNRS-CEA-UVSQ-Université Paris-Saclay ; Gif-sur-Yvette)

EXTRAAAAAA vise l'acquisition d'un équipement permettant l'extraction automatisée, reproductible, efficace et rapide de biomarqueurs moléculaires des matrices géologiques, archéologiques et biologiques dans lesquels ils sont préservés. Cet équipement facilitera et fiabilisera la préparation d'échantillons en amont du plateau technique d'analyses des biomarqueurs moléculaires du LSCE, intégré dans PANOPLY et RéGEF. Il sera ainsi possible d'accélérer la préparation de grandes séries d'échantillons et d'améliorer les rendements d'extraction afin de garantir des quantités suffisantes pour des analyses spécifiques (datation par radiocarbone de composés individuels, certification des structures par RMN).

Le Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement est outillé pour embrasser le large spectre analytique de l'étude des biomarqueurs moléculaires : une chaîne de préparation, un couplage chromatographie en phase gazeuse-spectromètre de masse (GC-MS) pour identifier et quantifier les biomarqueurs, un couplage chromatographie en phase gazeuse-spectromètre de masse de rapports isotopiques (GC-irMS) pour déterminer les compositions isotopiques (δ¹³C, δ²H) sur composés individuels, un chromatographe en phase gazeuse avec collecteur de fractions (GC-prep) pour isoler/purifier et collecter les composés, et un Compact Radiocarbon System (ECHoMICADAS) qui permet la datation de très petites quantités de carbone, par exemple sur composés individuels. A l'échelle locale, les instruments de ce plateau technique sont intégrés dans la Plateforme Analytique Géosciences Paris Saclay (PANOPLY). A l'échelle nationale, ils sont intégrés dans trois Réseaux d'Instruments de l'Infrastructure de Recherche RéGEF : GEOF pour la géochimie organique, réseau IRMS et réseau AMS.

Ce plateau technique est fortement sollicité depuis quelques années. Il alimente en résultats de nombreux projets en cours dont des ANRs (EGOUT, HUNIWERS, SESAME, NILAFAR, FOOD-RE), un projet Marie- Curie, et un projet d’intercalibration de datations par radiocarbone sur composés spécifiques. Bien que l'automate d'extraction dont le financement est sollicité dans le projet EXTRAAAAAA soit prioritairement dédié aux projets en cours, son utilisation s'intègre pleinement dans la politique d'accès de PANOPLY et RéGEF. Il sera accessible, ouvert à collaboration et à service/prestation.

Le développement de cette activité sur les biomarqueurs moléculaires amène des exigences nouvelles dans la préparation d'échantillons, et notamment la phase initiale d'extraction. Les grandes séries d'échantillons (carottes sédimentaires, par exemple) requièrent un système d'extraction des biomarqueurs moléculaires reproductible, rapide et automatisé. En effet, la phase d'extraction est actuellement un goulet d'étranglement dans la chaîne opératoire (la GC-MS, la GC-irMS et la GC-prep sont toutes équipées d'un passeur automatique), et sollicite des ressources humaines qui pourraient favorablement être déployées sur d'autres tâches. Par ailleurs, les développements en cours (datation radiocarbone sur composés spécifiques) et à venir (certification des structures par RMN) requièrent une extraction efficace pour garantir des quantités nécessaires à l'analyse.

Pour ces raisons, le LSCE souhaite faire l'acquisition d'un automate d'extraction aux solvants organiques d'échantillons géologiques, archéologiques et biologiques. Nous sommes à la recherche de partenaires qui partagent ce besoin, seraient intéressés à un accès privilégié à l'équipement, disposés à soutenir le projet EXTRAAAAAA, et, éventuellement, à contribuer au plan de financement (40-90 k€ selon les fournisseurs).